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      菌群多樣性組成譜分析

      菌群多樣性組成譜分析 




      高通量測序分析環境微生物(微生物菌群分析、微生物多樣性分析、微生物群落分析)


      資費:請電話商談 聯系電話:01065945597/65919547
      手機:13717768726

      研究對象:

      樣品來源:土壤、海洋、活性污泥、動物腸道、糞便、酒曲、窖泥、發酵液、菌劑、食品等;

      樣品形式:環境樣品、基因組DNA、PCR產物;

      菌群多樣性組成譜測序研究

      菌群多樣性組成譜測序以細菌/古菌16S rRNA基因可變區、真菌18S rRNA基因可變區或真菌ITS(Internal transcribed spacer)內轉錄間隔區等微生物特征序列(Signature sequence)為靶點,通過檢測序列的變異和數量,反映菌群中各類微生物物種的身份和豐度,從而快速解碼菌群物種分布特征,闡明樣本間多樣性和組成差異,進而發現差異相關物種。

      產品特點

      1. 直接對菌群樣本中的微生物特征序列進行擴增檢測,簡單快速且性價比高,并克服了絕大部分微生物無法純培養的難題;

      2. 自動化、專業的DNA提取流程,配合高保真DNA聚合酶進行PCR擴增,并嚴格把控擴增循環數,確保菌群組成客觀真實;

      3. 使用Illumina MiSeq的小型化測序平臺,周期更短,讀長更長(2´300 bp),每個樣本都能一次性獲得數萬條序列,即使低豐度物種也能精確定量;

      4. 多種物種注釋數據庫可選,根據樣本來源按需選擇Greengenes/Silva/HOMD/RDP/Unite/MaarjAM等數據庫,最優化物種的分類鑒定;

      5. 可對菌群進行代謝功能預測,通過組成數據,解讀潛在功能,并能指導后續宏基因組測序研究。

      實驗流程

      微生物組總DNA提取→目標片段PCR擴增→擴增產物檢測定量→測序文庫制備→上機進行高通量測序

      分析流程

      典型分析結果展示

      菌群物種分類組成的Krona交互展示圖

      UniFrac PCoA分析的樣本三維排序圖

      LEfSe組間差異物種的顯著性排序圖

      LEfSe組間差異物種的分類等級樹圖

      RDA約束排序圖

      物種互作關聯網絡圖

      基于16S rRNA基因的PICRUSt功能預測小提琴圖

      值得一試的深度分析內容

      分析項目

      分析要求

      CAP主坐標典型相關分析

      分組≥ 2

      菌群分型(Enterotype)分析

      樣本≥ 20

      ROC曲線建模驗證分析

      分組≥ 2

      OTU—樣本二分網絡分析

      樣本≥ 3

      物種——功能一致性Circos分析

      樣本≥ 3


      分析內容

      分析項目

      分析

      備注

       

      基礎分析項目

       

      原始測序數據的質控

         

      原始測序數據的處理

         

      2

      疑問序列的剔除

         

      3

      高質量序列長度分布統計

         

      序列歸并和OTU劃分

       

      1

      OTU劃分

         

      2

      OTU分類地位鑒定

         

      3

      OTU精簡和分類鑒定結果統計

         

      4

      多樣本共有OTUVenn圖分析

      樣本(組)≤ 5

       

       

      常規分析項目

       

      Alpha多樣性分析

       

      1

      Rarefaction稀疏曲線

         

      2

      Specaccum物種累積曲線

      樣本≥ 10

       

      3

      豐度等級曲線

         

      4

      Alpha多樣性指數計算

         

      分類組成分析

       

      1

      各分類水平的微生物類群數統計

         

      2

      各分類水平的分類學組成分析

         

      3

      Metastats分析

      樣本(組)≥ 2

       

      4

      LEfSe分析

      分組≥ 2

       

      群落組成交互式可視化

       

      1

      系統發育樹構建

         

      2

      MEGAN可視化展示

         

      3

      GraPhlAn可視化展示

         

      4

      Krona交互式展示

         

      5

      熱圖分析

      樣本≥ 3

       

      Beta多樣性分析

       

      1

      PCA分析

      樣本≥ 3

       

      2

      UniFrac-PCoA分析

      樣本≥ 3

       

      3

      UniFrac-MDS分析

      樣本≥ 5

       

      4

      UniFrac-UPGMA聚類分析

      樣本≥ 3

       

      5

      基于UniFrac距離的多組比較和箱線圖展示

      分組≥ 2

       
       

      高級分析項目

       

      菌群比較分析和關鍵物種篩選

       

      1

      RDA分析

      樣本≥ 3:提供影響因素數值或分組≥ 2

       

      2

      PLS-DA分析

      分組≥ 2

       

      3

      Adonis/PERMANOVA分析

      樣本≥ 3:提供影響因素數值或分組≥ 2

       

      4

      ANOSIM分析

      分組≥ 2

       

      5

      隨機森林分析

      分組≥ 2

       

      優勢物種互作關聯網絡分析

      樣本(組)≥ 3

       

      群落代謝功能預測

      僅限16S rRNA基因數據

       

      送樣要求 1

      1. 樣品類型: DNA
      2. 樣品需求量:≥500ng
      3. 樣品濃度: ≥10ng/μL
      4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解
      5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。


      送樣要求 2

      1. 樣品類型: PCR產物
      2. 樣品需求量:≥100ng
      3. 樣品濃度: ≥5ng/μL
      4. 樣品純度:OD260/280=1.8-2.0并確保PCR產物無降解
      5. 樣品保存期間切忌反復凍融,送樣時請使用冰袋或干冰運輸。

      公司電話:010-65945597/65919547    傳 真:010-65919547   E-mail:[email protected]
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